Dossiers d’œuvres (environ 22 500) : ils sont regroupés par matériaux et comportent des informations sur la majorité des œuvres conservées par le département.
Dossiers thématiques (une centaine) : ils portent sur certaines typologies d’objets, sur des sites archéologiques, sur des collections ou sur des personnalités.
Fonds photographique : 4400 plaques de verre, plus de 150 000 négatifs noir et blanc, 550 ektachromes, plus de 170 000 photographies numériques et environ 10 000 tirages photographiques anciens. Le fonds photographique concerne essentiellement les œuvres du département, mais comporte également des vues de sites archéologiques et d’œuvres, du domaine de l'archéologie classique, conservées dans d’autres musées.
Fonds d’archives : principalement constitué de correspondance, d’archives privées d’anciens membres du département, de personnalités et d’archéologues en lien avec le département.
